De goede mutanten onder leiding van Professor X (Patrick Stewart) worden versterkt door een aantal nieuwe superhelden, die allemaal over hun eigen bijzondere krachten beschikken. Er is nog steeds een anti-mutanten razzia gaande, dit keer onder leiding van William Stryker. Van hem wordt beweerd dat hij in het verleden geexperimenteerd heeft op mutanten. Hij zet alles op alles om de X-men voorgoed uit te schakelen! Hierdoor besluiten allen mutanten voor ��n keer aan dezelfde kant te gaan staan om hun krachten te bundelen en het op te nemen tegen de gevaarlijke William Stryker. Met het lot van de wereld in hun handen, staan de X-Men aan de vooravond van ��n van de gevaarlijkste missies ooit!