De Spykids zijn weer helemaal terug met een nieuw avontuur. Het zusje van Juni zit gevangen in een computergame. En hij gaat proberen haar te redden, dit zal echter niet gemakkelijk gaan. De toymaker (Sylvester Stallone) heeft een bijzonder computerspel ontwikkeld. Hij neemt Spy Kid Carmen Cortez gevangen in het spel, haar lichaam blijft achter. Maar haar gedachten zitten gevangen in het spel. Broertje Juni Cortez gaat proberen zijn zusje Cramen te redden. Hij klimt level voor level op in het spel totdat hij haar kan redden. Als hij in de fout gaat betekend dat "Game Over"...